在精准预测、精准预警、精准医疗大背景下,随着基因分型、新一代测序、传感和图像技术的发展与成熟,产生了海量的基因组数据及转录组、表观基因组、图像、生理生化、临床信息等一系列表型组数据,使得大数据分析成为当前研究多基因复杂疾病易感性、复杂疾病的发生机制和疾病防治研究与药物开发的关键技术。通过对不断增加的、越来越复杂多样的基因组、表观基因组及表型组数据的分析将为整体解析疾病的遗传和表观遗传结构提供珍贵的信息,同时也将为提高疾病的诊断、预测临床结果、了解疾病进展特征、增强健康管理和精准医疗提供基础。
目前建立多组学数据和表型的联系,充分挖掘组学大数据的价值仍然充满挑战。传统的全基因组关联分析费时耗力,且只能发现关联性。为此在复旦大学/内蒙古大学生命科学学院和现代人类学教育部重点实验室/上海市遗传学会等单位共同支持下特举办本次暑期论坛,将当前最新的 eQTL、知识图谱等技术引入全基因组关联分析,提供对日益增加的、复杂多样的基因组、表观基因组及表型组大数据分析的统一标准框架、基础知识和有效的算法工具,涉及大数据时代的理论群体基因组学、RNA 转录组的表观组分析、基于复杂网络的多组学数据分析、UK BioBank数据库使用介绍及演示、VIPMAP 和iMAC在线组学分析工具介绍、人工智能在生物医学中的应用并面向精准医学的自然人群遗传多样性研究、NODE: 组学数据百科全书多组学n、共享、分析的全套解决方案。
本次暑期论坛采用“理论讲解和上机实训相结合”的形式,现场和线上同步开展,旨在满足多组学大数据分析培训的巨大需求并为相关从业人员提供一个互相交流的平台,也为今后学科建设、项目交流和相互合作创造条件。
举办一个组织良好和高品质的短期课程,探讨统计遗传学和基因组学的前沿发展和方法及生物大数据的解读和应用;
促进复旦大学/内蒙古大学和各国大学、研究所的国际合作;也为今后的项目交流和相互合作创造条件;
注:本期暑期课程班将采取中英文授课,专门增加实例操作,并对来自海外的国际学员开放。
主办单位 :复旦大学、内蒙古大学、中国环境诱变剂学会承办单位:复旦大学生命科学学院、内蒙古大学生命科学学院/生物医学研究院、复旦大学现代人类学教育部重点实验室、基因技术教育部工程研究中心、上海市遗传学会、上海人类学学会
注:转账或汇款时,敬请注明:“姓名-单位-2025生命组学大数据暑期论坛”
金力,中国科学院院士,复旦大学校长,复旦大学上海医学院院长。德国马普学会外籍会员,中国高等教育学会副会长,先后担任Phenomics等10余家国际杂志的主编或编委。任“十二五”国家863计划前沿生物技术主题专家组组长,“十三五”国家精准医学研究重点专项专家组组长,“十四五”国家生物与信息融合重点专项专家组组长。主要从事人群的遗传结构、人群的起源和迁徙、人类复杂遗传病和计算生物学等方向的研究。近年来承担了国家自然科学基金委基础科学中心、国家自然科学基金创新群体、国家重点研发计划、国家科技支撑重点项目、上海市市级科技重大专项等多项研究。迄今,在Nature、Science、Cell等国际重要学术刊物及相关期刊发表论文800余篇,被引60,000余次。曾获国家自然科学二等奖(2次,第一完成人)、谈家桢生命科学成就奖、谈家桢生命科学创新奖、国际人类基因组组织(HUGO)卓越科学成就奖、何梁何利基金科技进步奖、上海市科技精英以及省部级科技进步一等奖等奖励。领衔发起人类表型组国际大科学计划。
熊墨淼,本科毕业于复旦大学计算专业。美国佐治亚大学统计学博士,美国南加洲大学计算生物学博士后。美国德州大学公共卫生学院,德州大学安德森癌症中心,德州大学休斯顿健康科学中心研究生院,人类遗传学,生物统计和数据科学教授。于2021年退休。2023年創建了人工智能研究学会。主要研究兴趣是通用人工智能,生物智能和动态系统理论。多次获得美国NIH 科研基金。曾获国际会议,杂志优秀论文奖。发表文章300多篇。被引19000多次,H 指数57,i10指数140。曾出版3部专著 。
左永春,内蒙古大学生命科学学院二级教授、博士生导师。国家青年拔尖人才、内蒙古杰出青年基金获得者,内蒙古草原英才等。主要围绕数字胚胎、精准医学、数智畜牧业等相关领域展开生物信息学研究。先后主持承担国家高层次人才计划、国家重点研发计划、国家自然科学基金面上、青年等项目10多项。担任Current Gene Therapy、Scientific Reports、Medinformatics等期刊编委或副主编,中国生物信息学会表观遗传信息学专委会秘书长、中国细胞生物学学会功能基因组信息学与系统生物学专委会委员、中国计算机学会生物信息学专委会委卢大儒,教授,博士生导师。复旦大学生命科学学院遗传学研究所教授。主要研究方向为基因组医学,人类遗传学, 基因治疗。发表SCI论文百余篇,获奖30余项。兼任中国遗传学会副秘书长等职,和实验生物学报、国外医学遗传学分册和突变癌变畸变杂志编委等。
徐书华,复旦大学特聘教授,复旦大学进化生物学中心主任;2012-2018年担任德国马普学会和中科院共同支持的青年科学家小组组长;2013年入选首批万人计划青年拔尖人才;2015年获国家杰出青年基金;2016年入选上海市优秀学术带头人;2018年入选科技部中青年科技创新领军人才;2019年获英国皇家学会牛顿高级访问学者基金资助;2021年入选国家万人计划科技领军人才。兼任中国遗传学会理事、上海市遗传学会常务理事、上海人类学学会常务理事;兼任多个SCI学术期刊编委如JGG(中国)、Molecular Genetics and Genomics (德国)共同主编、Hereditas (英国)、BMC Genetics (英国) Section Editor、BMC Genomic Data (英国) 资深编辑。长期致力于人类群体基因组学研究,发展和运用群体基因组学方法和计算生物学手段,将群体遗传学和分子进化理论应用于适应性演化和疾病发生机制研究;在Nature, Science, Cell, PNAS, Cell Sys., Nat Genet, Nat Commun, Genome Biol, AJHG, NAR, NSR, Gut, Genome Res, MBE等期刊发表SCI收录学术论文100多篇、被引用7000多次。成果入选F1000优秀论文、期刊“亮点论文”、Science,Scientific American等专文报道。曾获中科院青年科学家奖、中科院院长奖(导师)、教育部自然科学一等奖、国家自然科学二等奖等。
王久存,复旦大学生命科学学院和人类表型组研究院教授、博导,复旦大学人类遗传学与人类学系系主任,复旦大学风湿免疫过敏性疾病研究中心副主任;中国医学科学院皮肤及皮肤病群体遗传学和防控新技术研究创新单元共同主任;上海人类学学会会长,上海市遗传学会秘书长;联合发起硬皮病临床与研究国际协作网(InSCAR)并任副理事长。研究方向主要包括硬皮病和强直性脊柱炎等风湿免疫性疾病的遗传学、表观遗传学和分子机制研究及皮肤表型组学研究。承担国家自然科学基金重点项目、中国医学科学院创新单元、上海市市级科技重大专项“国际人类表型组计划”示范课题等项目。发表论文200余篇。
何云刚,博士,复旦大学智能医学研究院(筹)研究员,课题组长,博士生导师。2002年9月进入复旦大学遗传学研究所攻读博士学位。获得博士学位后,于2006年到美国斯坦福研究院(SRI) 健康科学中心从事博士后研究。2008年至2017年在中国科学院-德国马普学会计算生物学伙伴研究所历任助理研究员,副研究员。2018年进入复旦大学生物医学研究院任青年研究员,课题组长。2023年到复旦大学智能医学研究院(筹)工作。发表研究论文50余篇。研究方向为计算生物学和群体遗传学,关注与医学与生物学交叉领域的数据研究,例如基因组多态性的群体与统计遗传学,病毒进化与肠道微生态演化,以及其他与进化有关计算生物学问题。
姜宁,复旦大学生命科学学院计算生物学系副教授,博士研究生导师。主要研究方向为:基于二代、三代和单细胞高通量测序组学大数据的信号处理,数据分析和信息挖掘的方法学和应用研究,通过整合基因组、转录组,表观基因组以及单细胞组学等多维度的组学大数据和临床表型组数据信息,围绕复杂性状表型和人类疾病表型解析其发生、发展中的遗传机制,并开发新的方法学和分析流程。自2014年起负责承担了国家自然科学基金青年项目、面上项目、重点研发计划课题项目、卫健委、教育部专项等课题共12项;已在Cell Discovery、PNAS、Leukemia、Nature Communications、NAR等国际学术专业期刊发表SCI论文50余篇。
王一,高工。研究方向为人类遗传学,生物信息学,统计学,机器学习,计算机科学。发表SCI论文68篇,总共被引用8955次,H因子22。参与大量遗传易感性和群体遗传学的研究,参与千人基因组国际项目,开发了SNPTools软件,在七个国际小组的竞赛中获胜,成为项目一期的公认方法,产出了项目一期的中期数据。在统计学和机器学习方面,分别讨论了生物芯片的差异表达基因检出,两个连续变量的非线性相关性检出和通用大数据预测模型以及核模聚类。在二代测序分析和精准医学方面积累了较多的成果,包括:《小王医生》辅助诊断系统,高准度二代测序比对算法,GoldArray虚拟芯片技术,全基因组低乘数imputation技术等。在精准医疗实践方向,成功的辅助医生基因诊断了多例罕见病,获得良好社会效益。为公安部开发出法医STR亲缘搜索系统,多省公安部门已经开始实战使用。
王文静,医学博士,II级教授,主任医师,博士研究生导师,美国Vanderbilt大学In-gram医学中心博士后;国家杰出青年科学基金获得者、上海市领军人才、上海市优秀学科带头人、上海市科技启明星、启明星后。现任复旦大学教授、同济大学教授、上海交通大学兼职教授,上海市遗传学会遗传与分子诊断专委会副主任委员。国家“十四五”重点研发计划项目《新型超高通量全自动核酸检测系统平台研发》负责人,主要从事分子流行病学技术在慢性病、肿瘤预防和控制中的应用工作。曾先后主持国家“973”项目、国家“十一五”重大传染病防治”科技重大专项、国家自然科学基金等。已在《Genetics》、《PLoS Genet》、《Cell Research》、《Hum Mol Genet》等国内外核心学术期刊上共发表学术论文或论著121篇,曾获国家科技进步三等奖、中华预防医学会科学技术奖三等奖、上海市卫生系统 “银蛇奖”、上海市科技进步奖一等奖等多项奖项。
赵兴明,国家杰出青年科学基金获得者,复旦大学特聘教授、中山医院双聘教授,计算神经科学与类脑智能教育部重点实验室副主任。目前主要从事人工智能与生物医学大数据交叉领域的研究,上海市青年科技启明星和上海市浦江人才计划入选者。他是IEEE Senior Member、IEEE SMC Technical Committee on Systems Biology共同主席、ACM SIGBIO China副主席、IEEE SMC Shanghai Chapter主席、IAPR TC20委员,并担任中国人工智能学会生物信息学与人工生命专委会等国内学术组织的主任、常务理事和委员,担任了IEEE/ACM TCBB和IEEE SMC Magazine等国际期刊的副主编。承担了国家自然科学基金重点、国家杰出青年基金、国家重点研发计划在内的多项科研课题,在Nature、Cell Metabolism、Nature Communications和IEEE TPAMI等国际期刊发表SCI论文130余篇,曾获教育部高校优秀成果(自然科学)二等奖和吴文俊自然科学一等奖。
李金喜,复旦大学人类表型组研究院青年研究员,博士生导师,上海市浦东新区“明珠菁英”人才。主要研究方向是人类复杂表型的遗传机制研究及在疾病辅助诊断中的应用。研究发现人类肢体发育相关基因在指纹花纹形成中发挥关键作用,体现了生物学上典型的“一因多效性”,为肤纹与疾病的关联研究提供重要理论基础。后将肤纹表型运用于唐氏综合征辅助诊断,有望将相关研究成果尽早运用于新生儿先天性疾病的早期筛查中。近年来相关工作发表在Cell、Am.J.Hum.Genet.、J. Invest. Dermatol、Hum.Genet.、Phenomics等杂志,并获授权专利。
靳文菲,中国科学院上海营养与健康研究所研究员,博导,国家高层次青年人才。长期开发组学技术和计算方法,并利用用其解析群体遗传和肿瘤免疫。先后承担十余项国家级和省部级项目。发表论文50余篇,其中以通讯/第一作者在Nature、Nature Cancer、Nature Methods、Moleular Cell、PNAS、Genome Research、Genome biology等杂志发表论文20余篇。获南方科技大学“良师益友”优秀研究生导师、优秀书院导师、NIH杰出科研奖等。
倪挺,博士,教授,博士生导师。获北京大学生命科学学院学士及博士学位。美国杜克大学博士后及美国国立卫生研究院助理研究员。2012年起受聘为复旦大学生命科学学院教授,2022年起援建挂职内蒙古大学生物医学研究院副院长。在Nature、Science、Nature Methods、Nature Aging、Science Advances(2篇)、Nature Communications(3篇)、PNAS(2篇)、Genome Research(3篇)、Nucleic Acids Research(3篇)、Aging Cell(2篇)、Protein Cell等国际知名期刊发表50余篇研究论文。长期致力于细胞衰老及衰老相关疾病中基因非编码区的功能机制解析。担任国家重点研发计划首席科学家和国家自然科学基金重大研究计划集成项目负责人等。曾入选国家海外高层次青年人才引进计划。
杨军,博士,教授,博士生导师。山东大学学士、硕士,美国佐治亚州立大学博士,美国疾病预防与控制中心博士后;先后任浙江大学公共卫生学院副院长、浙江加州国际纳米技术研究院副院长、浙江省科技厅国际合作处副处长(挂职)、香港大学浙江科学技术研究院副院长等职;担任中国环境诱变剂学会副理事长、国际环境诱变剂学会理事,教育部新世纪优秀人才;主要从事环境因素的健康效应研究,主持973子课题、863、科技部国际合作项目、国家自然科学基金等,发表SCI论文140余篇,h-index为40。
曹志伟,复旦大学特聘教授,计算生物学系主任。于新加坡国立大学计算生物学系获博士学位,先后任职于上海生物信息技术研究中心与同济大学生命科学与技术学院(副院长),创建同济生物信息系。承担国家重点研发、精准医学、973、863和自然基金等课题20余项,发表Cell,Nature,Cancer cell 等SCI文章150多篇。专注组学大数据与创新药物AI 计算方法研究25年,是该领域资深计算生物学家。兼任科技部与基金委“ BT-IT融合”重点研发专项实施方案与指南编制专家、中国生物信息学会(筹)系统生物学专委会秘书长、中华中医药学会中医药信息分会副主委、第二届国家药监局医疗器械分类技术委员会委员、上海市生物信息学会副理事长等。积极参与了国家、上海市BT-IT与计算生物学发展战略研究咨询、规划制定,推动了在我国创新药物计算技术体系建设。
张利绒,内蒙古大学物理科学与技术学院教授、博士生导师。主要从事生物信息学和计算生物学方面的研究,聚焦基因转录和表达的调控问题,在剪接位点、基因表达水平和转录因子结合位点的预测、表观遗传修饰的调控等方面开展了研究,共发表论文 60 余篇,研究成果发表于 Nucleic Acids Research,BMC genomics,Molecular 、Briefings in Bioinformatics 和 Computers in Biology and Medicine等杂志,得到国内外同行的广泛关注,主持完成国家自然科学基金项目4项和内蒙古自然科学基金项目 2 项,获内蒙古青年科技创新奖二等奖,入选321 人才工程二层次人选。返回搜狐,查看更多